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Une micro-entreprise a des obligations de facturation plus légères que les autres formes juridiques, et elles se résument à trois choses : des mentions complètes, une numérotation continue, et une conservation sérieuse. Aucun logiciel n'est aujourd'hui imposé pour y répondre.
Ce qui change la donne, c'est le calendrier de la facturation électronique. Voici les cinq critères de choix, les particularités du statut, et ce qu'il faut anticiper. Notre page sur la facturation et la trésorerie traite du cycle complet.
Les particularités du statut
- La franchise en base. Tant que vous n'êtes pas assujetti à la taxe sur la valeur ajoutée, la facture ne porte aucune ligne de taxe mais la mention correspondante, et les montants sont nets.
- La comptabilité allégée. Un livre des recettes, et selon l'activité un registre des achats. Pas de bilan, pas d'amortissements.
- Les seuils. Le franchissement du seuil de franchise rend la taxe applicable, et les factures doivent en tenir compte à partir de cette date.
- La déclaration de chiffre d'affaires, mensuelle ou trimestrielle, qui suppose un cumul tenu à jour.
Les cinq critères de choix
- La numérotation continue et non modifiable. Une facture émise ne doit pas pouvoir être supprimée : elle s'annule par un avoir. C'est le premier critère, et il élimine plusieurs outils gratuits légers.
- La gestion de la franchise en base et du passage à la taxe. L'outil doit savoir basculer en cours d'année sans casser l'historique.
- Le cumul de chiffre d'affaires, visible en permanence, pour la déclaration et la surveillance des seuils.
- L'export complet de vos documents et de vos données, vérifié avant de s'installer.
- Le raccordement à une plateforme de facturation électronique, ou l'engagement de l'éditeur à le faire.
Le calendrier à anticiper
La réception des factures électroniques entre entreprises devient obligatoire pour toutes les structures, micro-entreprises comprises, au 1er septembre 2026. L'obligation d'en émettre s'applique aux petites entreprises et aux micro-entreprises au 1er septembre 2027.
Deux conséquences pratiques pour un auto-entrepreneur.
- Dès 2026, il faut pouvoir recevoir une facture électronique d'un fournisseur professionnel. Cela suppose d'être raccordé, même si vous ne facturez que des particuliers.
- À partir de 2027, une facture envoyée à une autre entreprise devra transiter par une plateforme agréée. Le document produit dans un traitement de texte et envoyé par courriel ne remplira plus l'obligation.
Choisir aujourd'hui un outil dont l'éditeur ne dit rien sur ce sujet, c'est prévoir une migration dans dix-huit mois.
Gratuit ou payant
Les formules gratuites couvrent honnêtement le besoin d'un indépendant qui émet peu de factures. Elles plafonnent sur le nombre de documents, de clients, et réservent les relances automatiques au payant. Le détail figure dans notre comparatif des logiciels de facturation gratuits.
Un abonnement d'entrée se situe entre dix et trente euros par mois. Le calcul est direct : s'il fait gagner deux heures par mois et que votre journée se facture trois cents euros, il est rentabilisé. Les relances automatiques pèsent souvent davantage que le temps gagné.
Ce qu'un auto-entrepreneur n'a pas besoin d'acheter
- Un logiciel de comptabilité. Le livre des recettes suffit au régime micro.
- La gestion de stock, sauf activité de négoce.
- La paie, tant qu'il n'y a pas de salarié.
- Les modules d'analyse avancée, qui supposent un volume de données que vous n'aurez pas avant deux ans.
Le passage à la taxe sur la valeur ajoutée
C'est le moment où un outil bien choisi se rentabilise seul. Il faut alors afficher le montant hors taxes, le taux, le montant de taxe et le total toutes taxes comprises, et produire les états nécessaires à la déclaration.
Surveillez le cumul mensuellement plutôt qu'à la déclaration. Sur les devis à exécution différée, indiquez que les montants seront majorés de la taxe si elle devient applicable à la date d'exécution, comme le rappelle notre article sur le devis gratuit pour auto-entrepreneur.
Questions fréquentes
Est-il obligatoire d'avoir un logiciel de facturation en auto-entreprise ?
Non aujourd'hui : une facture conforme peut être produite avec n'importe quel outil, à condition de respecter les mentions, la numérotation continue et la conservation. Ce qui devient obligatoire, c'est le canal : la réception de factures électroniques au 1er septembre 2026 pour toutes les structures, et l'émission au 1er septembre 2027 pour les plus petites. Un outil raccordé devient alors la voie la plus simple.
Quel est le meilleur logiciel de facturation pour un auto-entrepreneur ?
Celui qui tient une numérotation non modifiable, gère la franchise en base et son abandon, affiche le cumul de chiffre d'affaires, et vous laisse partir avec vos données. Ces quatre points éliminent la majorité des candidats. Ajoutez la trajectoire de l'éditeur vers la facturation électronique, qui est le critère le plus discriminant aujourd'hui.
Faut-il un logiciel agréé par l'administration ?
La notion qui compte est celle de plateforme agréée pour la transmission des factures électroniques. Votre logiciel doit soit en être une, soit s'y raccorder. En dehors de ce point, aucune certification particulière n'est exigée d'un logiciel de facturation pour une micro-entreprise.
Peut-on facturer sans taxe sur la valeur ajoutée ?
Oui tant que vous relevez de la franchise en base. La facture ne porte alors aucune ligne de taxe, les montants sont nets, et la mention indiquant que la taxe n'est pas applicable doit figurer, avec la référence de l'article correspondant du code général des impôts.
Ce qu'il faut retenir
- Aucun logiciel n'est imposé aujourd'hui, le canal électronique le deviendra.
- Réception au 1er septembre 2026, émission au 1er septembre 2027 pour les plus petites structures.
- Numérotation non modifiable : le critère qui élimine le plus d'outils.
- L'outil doit savoir basculer de la franchise à la taxe sans casser l'historique.
- Surveillez le cumul de chiffre d'affaires chaque mois.
Klevor s'adresse aux indépendants qui suivent plusieurs dossiers : la facture découle du devis accepté et du travail réalisé, les relances partent seules, et le cumul reste visible sans être recalculé. Essayer Klevor quatorze jours, ou demander une démonstration.